| Дата | Этап | Соперник | Счет | Место | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 08.05.2009, Пт, 17:00 | 1 тур | Радиан-Байкал Иркутск | 1:3 П | Выезд | Иркутск, Стадион "Локомотив" | |
| 10.05.2009, Вс, 15:00 | 2 тур | Чита-М Чита | 1:1 Н | Выезд | Чита, Стадион "Юность" | |
| 29.05.2009, Пт, 14:00 | 3 тур | Динамо Бийск | 2:3 П | Дома | Барнаул, Стадион ДЮСШ "Динамо"-нижнее поле (экс-"ТрансМаш") | |
| 12.06.2009, Пт, 18:00 | 5 тур | Торпедо Рубцовск | 1:0 В | Дома | Барнаул, Стадион "Кристалл" | |
| 14.06.2009, Вс, 18:00 | 6 тур | Динамо-М Барнаул | 4:0 В | Дома | Барнаул, Стадион "Кристалл" | |
| 03.07.2009, Пт, 18:00 | 7 тур | ФК Кемерово Кемерово | 0:3 П | Выезд | Кемерово, Стадион "Шахтер" | |
| 05.07.2009, Вс, 17:00 | 8 тур | Распадская Междуреченск | 0:3 П | Выезд | Междуреченск, Стадион "Томусинец" | |
| 24.07.2009, Пт, 18:00 | 9 тур | Сибирь-М Новосибирск | 1:3 П | Дома | Барнаул, Стадион "Кристалл" | |
| 26.07.2009, Вс, 18:00 | 10 тур | Алтай Барнаул | 1:3 П | Дома | Барнаул, Стадион "Кристалл" | |
| 31.07.2009, Пт, 18:30 | 11 тур | Радиан-Байкал Иркутск | 1:2 П | Дома | Барнаул, Стадион "Кристалл" | |
| 02.08.2009, Вс, 18:30 | 12 тур | Чита-М Чита | 4:3 В | Дома | Барнаул, Стадион "Кристалл" | |
| 14.08.2009, Пт, 18:30 | 13 тур | Динамо Бийск | 0:6 П | Выезд | Бийск, Стадион "Прогресс" | |
| 28.08.2009, Пт, 18:30 | 15 тур | Торпедо Рубцовск | 1:1 Н | Выезд | Рубцовск, Стадион "Торпедо" | |
| 30.08.2009, Вс, 18:30 | 16 тур | Динамо-М Барнаул | 2:2 Н | Выезд | Барнаул, Стадион ДЮСШ "Динамо"-нижнее поле (экс-"ТрансМаш") | |
| 04.09.2009, Пт, 17:30 | 17 тур | ФК Кемерово Кемерово | 0:2 П | Дома | Барнаул, Стадион "Кристалл" | |
| 06.09.2009, Вс, 17:00 | 18 тур | Распадская Междуреченск | 4:0 В | Дома | Барнаул, Стадион "Кристалл" | |
| 18.09.2009, Пт, 15:00 | 19 тур | Сибирь-М Новосибирск | 1:1 Н | Выезд | Новосибирск, Стадион "Спартак" | |
| 20.09.2009, Вс, 17:00 | 20 тур | Алтай Барнаул | 1:1 Н | Выезд | Барнаул, Стадион СДЮШОР А. Смертина (центральное поле) | |
Указанное время матчей — барнаульское (МСК+4)