| Дата | Этап | Соперник | Счет | Место | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 15.07.2012, Вс, 18:30 | 1 тур | Якутия Якутск | 6:1 В | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 24.07.2012, Вт, 18:30 | 3 тур | Байкал Иркутск | 1:0 В | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 27.07.2012, Пт, 17:30 | 4 тур | Чита Чита | 1:1 Н | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 05.08.2012, Вс, 16:00 | 5 тур | Смена Комсомольск-на-Амуре | 2:5 П | Выезд | Комсомольск-на-Амуре, Стадион "Авангард" | |
| 08.08.2012, Ср, 17:00 | 6 тур | Амур-2010 Благовещенск | 0:2 П | Выезд | Благовещенск, Стадион "Амур" | |
| 17.08.2012, Пт, 18:30 | 7 тур | Сибиряк Братск | 1:0 В | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 20.08.2012, Пн, 18:30 | 8 тур | Сибирь-2 Новосибирск | 2:1 В | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 27.08.2012, Пн, 13:30 | 9 тур | Сахалин Южно-Сахалинск | 3:3 Н | Выезд | Южно-Сахалинск, Стадион "Спартак" | |
| 30.08.2012, Чт, 16:00 | 10 тур | Луч-Энергия Владивосток | 1:1 Н | Выезд | Владивосток, Стадион "Динамо" | |
| 06.09.2012, Чт, 18:00 | 11 тур | Иртыш Омск | 1:1 Н | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 10.09.2012, Пн, 17:00 | 12 тур | Иртыш Омск | 5:0 В | Выезд | Омск, БУ СК "Красная звезда" | |
| 19.09.2012, Ср, 17:00 | 13 тур | Байкал Иркутск | 0:1 П | Выезд | Иркутск, Стадион "Локомотив" | |
| 22.09.2012, Сб, 16:00 | 14 тур | Чита Чита | 1:3 П | Выезд | Чита, Стадион "Локомотив" | |
| 29.09.2012, Сб, 16:00 | 15 тур | Смена Комсомольск-на-Амуре | 2:2 Н | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 02.10.2012, Вт, 17:00 | 16 тур | Амур-2010 Благовещенск | 0:0 Н | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 08.10.2012, Пн, 17:00 | 17 тур | Сибиряк Братск | 0:0 Н | Выезд | Братск, Стадион "Металлург" | |
| 11.10.2012, Чт, 18:00 | 18 тур | Сибирь-2 Новосибирск | 0:2 П | Выезд | Новосибирск, Стадион "Спартак" | |
| 17.10.2012, Ср, 16:30 | 19 тур | Сахалин Южно-Сахалинск | 0:3 П | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 20.10.2012, Сб, 14:00 | 20 тур | Луч-Энергия Владивосток | 1:2 П | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 26.10.2012, Пт, 14:00 | 21 тур | Якутия Якутск | 0:1 П | Выезд | Нерюнгри, Манеж "Горняк" | |
| 22.04.2013, Пн, 18:30 | 23 тур | Якутия Якутск | 1:0 В | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 30.04.2013, Вт, 18:30 | 25 тур | Байкал Иркутск | 3:1 В | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 03.05.2013, Пт, 16:30 | 26 тур | Чита Чита | 1:1 Н | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 09.05.2013, Чт | 27 тур | Смена Комсомольск-на-Амуре | 0:0 Н | Выезд | Комсомольск-на-Амуре | |
| 12.05.2013, Вс | 28 тур | Амур-2010 Благовещенск | 1:5 П | Выезд | Благовещенск | |
| 18.05.2013, Сб, 18:30 | 29 тур | Сибиряк Братск | 3:0 В | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
| 22.05.2013, Ср, 18:00 | 30 тур | Сибирь-2 Новосибирск | 2:1 В | Выезд | Новосибирск, Стадион "Спартак" | |
| 28.05.2013, Вт, 14:30 | 31 тур | Сахалин Южно-Сахалинск | 1:3 П | Выезд | Южно-Сахалинск, Стадион "Спартак" | |
| 31.05.2013, Пт, 16:00 | 32 тур | Луч-Энергия Владивосток | 1:3 П | Выезд | Владивосток, Стадион "Динамо" | |
| 05.06.2013, Ср, 18:30 | 33 тур | Иртыш Омск | 1:1 Н | Дома | Барнаул, Стадион "Динамо" | |
Указанное время матчей — барнаульское (МСК+4)