| Дата | Этап | Соперник | Счет | Место | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 11.07.2012, Ср, 18:00 | 1/256 финала | Якутия Якутск | 2:0 В | Выезд | Якутск, Стадион «Туймаада» | |
| 01.08.2012, Ср, 17:00 | 1/128 финала | Смена Комсомольск-на-Амуре | 2:0 В | Дома | Благовещенск, Стадион "Амур" | |
| 12.08.2012, Вс, 17:00 | 1/64 финала | Сахалин Южно-Сахалинск | 2:0 В | Дома | Благовещенск, Стадион "Амур" | |
| 01.09.2012, Сб | 1/32 финала | СКА-Энергия Хабаровск | 0:1 П | Дома | ||
Указанное время матчей — барнаульское (МСК+4)