| Дата | Этап | Соперник | Счет | Место | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 23.04.2006, Вс | 1 тур | Кузбасс-Динамо Кемерово | 6:0 В | |||
| 04.05.2006, Чт | 3 тур | Звезда Иркутск | 1:1 Н | |||
| 07.05.2006, Вс | 4 тур | Сибиряк Братск | 1:2 П | |||
| 15.05.2006, Пн | 5 тур | Амур Благовещенск | 1:0 В | |||
| 18.05.2006, Чт | 6 тур | Чита Чита | 2:0 В | |||
| 24.05.2006, Ср | 7 тур | Иртыш-1946 Омск | 0:0 Н | |||
| 27.05.2006, Сб | 8 тур | Заря Ленинск-Кузнецкий | 3:0 В | |||
| 04.06.2006, Вс | 9 тур | Динамо Барнаул | 4:3 В | |||
| 08.06.2006, Чт | 10 тур | Чкаловец Новосибирск | 1:2 П | |||
| 14.06.2006, Ср | 11 тур | Смена Комсомольск-на-Амуре | 3:1 В | |||
| 17.06.2006, Сб | 12 тур | Океан Находка | 1:0 В | |||
| 24.06.2006, Сб | 13 тур | Шахтер Прокопьевск | 3:0 В | |||
| 02.07.2006, Вс | 14 тур | Шахтер Прокопьевск | 4:0 В | |||
| 08.07.2006, Сб | 15 тур | Смена Комсомольск-на-Амуре | 2:0 В | |||
| 11.07.2006, Вт | 16 тур | Океан Находка | 1:3 П | |||
| 17.07.2006, Пн | 17 тур | Динамо Барнаул | 3:0 В | |||
| 20.07.2006, Чт | 18 тур | Чкаловец Новосибирск | 5:2 В | |||
| 27.07.2006, Чт | 19 тур | Иртыш-1946 Омск | 3:1 В | |||
| 30.07.2006, Вс | 20 тур | Заря Ленинск-Кузнецкий | 1:0 В | |||
| 05.08.2006, Сб | 21 тур | Амур Благовещенск | 2:0 В | |||
| 08.08.2006, Вт | 22 тур | Чита Чита | 2:2 Н | |||
| 15.08.2006, Вт | 23 тур | Звезда Иркутск | 3:1 В | |||
| 18.08.2006, Пт | 24 тур | Сибиряк Братск | 3:0 В | |||
| 24.08.2006, Чт | 25 тур | Кузбасс-Динамо Кемерово | 1:1 Н | |||
| 03.09.2006, Вс | 27 тур | Кузбасс-Динамо Кемерово | 1:0 В | |||
| 12.09.2006, Вт | 29 тур | Звезда Иркутск | 0:1 П | |||
| 15.09.2006, Пт | 30 тур | Сибиряк Братск | 3:0 В | |||
| 22.09.2006, Пт | 31 тур | Амур Благовещенск | 5:0 В | |||
| 25.09.2006, Пн | 32 тур | Чита Чита | 2:0 В | |||
| 01.10.2006, Вс | 33 тур | Иртыш-1946 Омск | 0:0 Н | |||
| 04.10.2006, Ср | 34 тур | Заря Ленинск-Кузнецкий | 1:1 Н | |||
| 11.10.2006, Ср | 35 тур | Динамо Барнаул | 4:1 В | |||
| 14.10.2006, Сб | 36 тур | Чкаловец Новосибирск | 1:0 В | |||
| 20.10.2006, Пт | 37 тур | Смена Комсомольск-на-Амуре | 0:0 Н | |||
| 23.10.2006, Пн | 38 тур | Океан Находка | 4:0 В | |||
| 28.10.2006, Сб | 39 тур | Шахтер Прокопьевск | 2:0 В | |||
Указанное время матчей — барнаульское (МСК+4)