| Дата | Этап | Соперник | Счет | Место | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 14.05.2006, Вс | 1 тур | Полимер Барнаул | 4:1 В | Выезд | ||
| 26.05.2006, Пт | 3 тур | Сибирь-2 Новосибирск | 0:0 Н | Выезд | ||
| 28.05.2006, Вс | 4 тур | Динамо-Барнаул-2 Барнаул | 1:3 П | Дома | ||
| 09.06.2006, Пт | 5 тур | Прогресс Томск | 1:1 Н | Выезд | ||
| 11.06.2006, Вс | 6 тур | КДВ Томск | 1:2 П | Дома | ||
| 18.06.2006, Вс | 2 тур | Торпедо Рубцовск | 1:1 Н | Дома | ||
| 23.06.2006, Пт | 7 тур | Распадская Междуреченск | 1:1 Н | Дома | ||
| 07.07.2006, Пт | 9 тур | Зенит Иркутск | 0:4 П | Дома | ||
| 09.07.2006, Вс | 10 тур | Коммунальник Улан-Удэ | -:+ П | Дома | ||
| 21.07.2006, Пт | 11 тур | Прогресс Томск | -:+ П | Дома | ||
| 23.07.2006, Вс | 12 тур | КДВ Томск | 1:2 П | Выезд | ||
| 30.07.2006, Вс | 13 тур | Полимер Барнаул | 0:0 Н | Дома | ||
| 06.08.2006, Вс | 14 тур | Торпедо Рубцовск | 0:4 П | Выезд | ||
| 11.08.2006, Пт | 15 тур | Сибирь-2 Новосибирск | 1:3 П | Дома | ||
| 13.08.2006, Вс | 16 тур | Динамо-Барнаул-2 Барнаул | 1:2 П | Выезд | ||
| 25.08.2006, Пт | 17 тур | Зенит Иркутск | 0:1 П | Выезд | ||
| 27.08.2006, Вс | 18 тур | Коммунальник Улан-Удэ | 1:2 П | Выезд | ||
| 10.09.2006, Вс | 20 тур | Распадская Междуреченск | 2:3 П | Выезд | ||
Указанное время матчей — барнаульское (МСК+4)